Неприятная особенность выявилась при обновлении 1С:Предприятие Управление торговлей 11.2 на 11.4.
При обновлении необходимо использовать платформы указанные в описаниях конфигураций. К примеру при переходе с 11.3 на 11.4 платформа 8.13 приводит к зависанию системы при обновлении данных информационной базы, хотя конфигурация обновляется без проблем.